地宫密龛里，发现世上仅存的指骨舍利。

1987年4月13日，考古队连夜清理后室。一件件稀世珍宝小心翼翼地在人们手上传递着。清理工作即将结束时，意想不到的情况发生了。

工作人员发现，后室的土层好像被动过。挖开土，一个密龛显露出来，密龛里藏着一个包裹，里面又是一个铁函。为什么惟独这个包裹被埋在土里？5月4日，法门寺地宫文物的最后清理工作开始进行，由中科院研究员王孖和考古学家韩伟主持。谁都不会想到，那个沉甸甸的宝函里套着一重又一重的宝函。直到第七重，里面是镶满珍珠的金质宝函，宝函里是一座宝珠顶小金塔。第八重是个纯金塔，打开后，金座子上有个像手指一样的银柱子，上面还有白花花的东西。佛骨问世了！专家对比后，大家都跳起来了，这就是传说中的佛舍利。但这仍然是玉制仿制品。

之后，人们的注意力再次转到密龛里发现的铁函上。为了万无一失，考古专家们对其进行了透视。X光机扫描的结果，确定铁函内有异物。1987年5月10日，韩伟打开了铁函，首先映入眼帘的是一大一小两颗水晶珠，下面是一个被丝绸包裹的镏金函。镏金函里有个檀香木函，檀香木函里还有个水晶椁子，水晶椁子里还有一个玉棺。凌晨8点零6分，韩伟揭开了玉棺棺盖，玉棺里面又是一枚舍利。

据考证，这是一枚真正的佛骨舍利。跟志文碑上记载的相吻合：中间有纹，纹并不彻。历经波折，佛教界至高无上的圣物、世上仅存唯一的佛祖真身指骨舍利，终于显身。