2015年，黑龙江省文物考古研究所对小南山遗址开展了正式的考古发掘工作。当年发掘300平方米，主要发现为新石器时代早期的墓葬，随葬品中有玉器28件以及大量的石器和少量的陶器，另外在遗址上层还发现有少量新石器晚期的文化遗存。