李旦于武氏当政期间，一直是李唐的政治旗帜，因此在中宗年间备受中宗及韦氏一党的猜忌。

景龙政变时，太子李重俊事败被杀。安乐公主与宰相宗楚客趁机陷害李旦与太平公主，诬称二人与李重俊同谋。御史中丞萧至忠负责调查，哭谏道：“陛下富有四海，却容不下一弟一妹，而让人罗织罪名加以残害吗？相王昔为皇嗣，在则天皇后面前数日不食，请求将天下让于陛下，其德行天下皆知，陛下怎能怀疑于他。”唐中宗只得作罢。

《资治通鉴·唐纪二十四》：初，右台大夫苏珦治太子重俊之党，囚有引相王者，珦密为之申理，上乃不问。自是安乐公主及兵部尚书宗楚客日夜谋谮相王，使侍御史冉祖雍等诬奏相王及太平公主，云“与重俊通谋，请收付制狱。”上召吏部侍郎兼御史中丞萧至忠，使鞫之。至忠泣曰：“陛下富有四海，不能容一弟一妹，而使人罗织害之乎！相王昔为皇嗣，固请于则天，以天下让陛下，累日不食，此海内所知。奈何以祖雍一言而疑之！”上素友爱，遂寝其事。

唐中宗死后，上官婉儿负责起草遗诏，曾想让韦皇后听政，并由李旦辅政。但宗楚客却对韦温道：“相王辅政，于理而言并不适宜，何况他和皇后又是叔嫂关系。自古礼制讲究叔嫂不通问，到时临朝之时，他和皇后又该如何为礼呢。”二人率诸宰相上表，请韦皇后临朝摄政。苏瑰虽表示反对，但李旦最终还是被罢去了辅政之权。

《资治通鉴·唐纪二十五》：太平公主与上官昭容谋草遗制，立温王重茂为皇太子，皇后知政事，相王旦参谋政事。宗楚客密谓韦温曰：“相王辅政，于理非宜；且于皇后，嫂叔不通问，听朝之际，何以为礼？”遂帅诸宰相表请皇后临朝，罢相王政事。苏瑰曰：“遗诏岂可改邪！”温、楚客怒，瑰惧而从之，乃以相王为太子太师。